相比较无机肥料的有规模的工业化生产，有机肥料从原料来源上就较为复杂。有机肥料多是一些动植物残体、动物的粪便以及一些生活垃圾等物质生产出来的。这也就导致了很多有机肥料产品在杂菌率、蛔虫卵死亡率、粪大肠菌群数等菌落指标上很容易超标。而有机肥料如果菌落超标，不仅可能其养分成分植物得不到吸收，甚至一些寄生虫由此进入农作物体内，而人们一旦食用了这种带有寄生虫的农作物，对身体健康便可能产生一定危害。所以有机肥料在生产上对污染物限量指标的控制，也就成为保证农业生产安全的重要因素。
有机肥料可以检测以下项目
1、有机肥料物理性能检测项目主要有：磨耗率、粒度、抗压碎、细度、水分、pH值（酸碱度）
2、有机肥料有效成分检测项目主要有：总养分（氮+五氧化二磷+氧化钾）的质量分数、总氮含量、钾含量、磷含量、氨基酸、有机质含量等
3、有机肥料微量元素检测项目主要有：钙、铜、铁、镁、锰、锌、硒、氟等
4、有机肥料重金属检测项目主要有：总铅、总铬、总镉、总汞、总砷等
5、有机肥料抗菌类药物检测项目主要有：土霉素、四环素、金霉素、强力霉素、磺胺类药物等
6、有机肥料其他含量检测项目主要有：腐植酸、硫酸盐含量、亚甲基二脲含量、不溶物含量等
生物有机肥施用需要注意这几个方面
1．选用质量合格的微生物肥料。质量低下、有效活菌数达不到规定指标、杂菌含量高或已过有效期的产品不能施用。
2．施用时尽量减少肥料中微生物的死亡。应避免阳光直射菌肥，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。一般菌肥不可与有害农药、化肥混合施用。
3．创造适宜的土壤环境。在酸性土壤上施用应中和土壤酸度后再施。土壤过分干燥时，应及时灌浇。大雨过后要及时排除田间积水，提高土壤的通透性。
4．因地制宜推广应用不同的微生物菌肥料。如根瘤菌肥料应在豆科作物上广泛施用，解磷、解钾类微生物肥料应施用于养分潜力较高的土壤。
5．避免开袋后长期不用，要注意密封储存以免菌种流失。开袋后长期不用，其他细菌就可能侵入袋内，使肥料中的微生物菌群发生改变，影响其使用效果。
6．避免在高温干旱条件下使用。微生物肥料中的微生物在高温干旱条件下，生存和繁殖就会受到影响，不能发挥良好的作用。因此，应选择阴天或晴天的傍晚施用，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，避免微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
7．避免与未腐熟的农家肥混用。与未腐熟的有机肥混用，会因高温杀死微生物，影响微生物肥料的发挥。